Il treno 5397 parte alle ore 17:15, generalmente dal binario 8
Il treno 5397 arriva alle ore 20:00, generalmente al binario 3
La durata prevista del viaggio è di 2 ore e 45 minuti
Il treno 5397 presenta una carrozza attrezzata per il trasporto di passeggeri su sedia a rotelle
Il treno 5397 effettua servizio di trasporto bici al seguito.
| Stazione | Arrivo | Partenza | Bin. |
| MESSINA CENTRALE Orari treni stazione Messina Centrale | 17:15 | 8 | |
| ALI' TERME Treni da Messina Centrale a Ali' Terme | 17:35 | 17:35 | 1 |
| ROCCALUMERA MANDANICI Treni da Messina Centrale a Roccalumera Mandanici | 17:41 | 17:41 | 2 |
| S.TERESA DI RIVA Treni da Messina Centrale a S.teresa Di Riva | 17:46 | 17:46 | 1 |
| TAORMINA-GIARDINI Treni da Messina Centrale a Taormina-giardini | 17:58 | 17:58 | 1 |
| FIUMEFREDDO DI SICILIA Treni da Messina Centrale a Fiumefreddo Di Sicilia | 18:06 | 18:06 | 1 |
| GIARRE RIPOSTO Treni da Messina Centrale a Giarre Riposto | 18:14 | 18:14 | 3 |
| ACIREALE Treni da Messina Centrale a Acireale | 18:25 | 18:25 | 3 |
| CATANIA CENTRALE Treni da Messina Centrale a Catania Centrale | 18:40 | 18:40 | 7 |
| CATANIA AEROPORTO FONTANAROSSA Treni da Messina Centrale a Catania Aeroporto Fontanarossa | 18:48 | 18:48 | 1 |
| LENTINI Treni da Messina Centrale a Lentini | 19:04 | 19:04 | 2 |
| AUGUSTA Treni da Messina Centrale a Augusta | 19:31 | 19:31 | 1 |
| SIRACUSA Orari treni stazione Siracusa | 20:00 | 3 |